دختر به نام آلیشیا داشت که در حال مرگ بر پروژ بود . ناامید شده برای نجات او ، ماركوس T-Virus را كه از دکتر چارلز اشفورد گرفته شده است برای استفاده در وی و سایر مبتلایان به این بیماری گرفته است. بعد از اینکه فرزند دیگری که تحت درمان با ویروس قرار گرفته بود درگذشت و سپس دوباره به عنوان یک انسان زنده خشمگین شد ، مارکوس سعی کرد این برنامه را خاموش کند. شریک زندگی او ، دکتر الكساندر ایزاكس ، ماركوس را به دست آلبرت وسكر كشته ، سپس آلیشیا را پذیرفت و شركت را به دست گرفت.

پس از وقایع در واشنگتن دی سی ، آلیس پس از خیانت با کلون وسکر ارسال شده توسط چتر ، که اصلی را به قتل رسانده ، بیدار می شود. ملکه سرخ ظاهر می شود و به آلیس می گوید 48 ساعت فرصت دارد تا به کندو ، بیش از 400 مایل غربی در I-64 در راکون سیتی نفوذ کند. شرکت Umbrella یک آنتی ویروس در هوا ایجاد کرده است که می تواند همه ارگانیسم های آلوده به ویروس T را از بین ببرد ، اما منتظر است تا آخرین انسان های باقیمانده از بین برود.

در مسیر Raccoon City ، آلیس توسط اسحاق اسیر می شود و یادگیری “اسحاق ها” که قبلاً کشته شده بود یک کلون بود. او….